I am trying to reorder the populations on a credibilityIntervals plot under the packages tRophicPosition. I have made the trophic position plot successfully but would like to reorder the communties produced to be smallest to largest. I dont know why they have produced in the order they have, as it is not the order on the inputted data sheet or in order of smallest to largest. This is the code i have so far:
mydata <- read.table(file="trophicposallpop.csv", header=T, sep=";")
str(mydata)
head(mydata)
OoList <- extractIsotopeData(mydata, 
                             b1 = "baseline",
                             baselineColumn = "FG",
                             consumersColumn = "Spp",
                             groupsColumn = "Community",
                             d13C = "d13C",
                             d15N = "d15N")
str(OoList)
for (community in OoList) {
  print(summary(community))
  plot(community)
}
Oo_models <- multiSpeciesTP(OoList, model = "oneBaseline",
                            n.adapt = 10000, n.iter = 20000,
                            burnin = 10000, n.chains = 5, print = FALSE)
                                 
credibilityIntervals(Oo_models$df, x = "group", xlab ="Community", y1lim=c(2,10),
                     plotAlpha = F, group_by = "group",
                     scale_colour_manual = c("pink1","turquoise4","turquoise1","magenta","skyblue1","maroon","orchid","aquamarine",
                                                    "aquamarine4","slateblue2","tomato","blue","blue4","orange","burlywood1", 
                                                     "red", "red4", "green", "darkolivegreen3", "darkgreen", "purple", "yellow",
                                                     "grey"))
                                                         
getPosteriorMode(Oo_models$"TPs")
i am not sure how to change this order. this is an example of my input data
> dput(head(mydata, 100))
structure(list(Spp = c("Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo"), FG = c("Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo",  "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo", "Oo"), d13C = c("-17.54",  "-16.76", "-16.46", "-16.79", "-16.88", "-16.27", "-16.82", "-17.12",  "-17", "-16.77", "-17", "-15.54", "-15.38", "-15.21", "-15.22",  "-15.31", "-15.63", "-16.24", "-15.34", "-15.44", "-23.7", "-24.1",  "-23.6", "-23.8", "-23.9", "-23.5", "-24.1", "-24.1", "-23.9",  "-24", "-24", "-24", "-23.7", "-23.8", "-23.9", "-23.6", "-23.7",  "-24", "-23.8", "-23.8", "-23.5", "-23.4", "-23.8", "-24.1",  "-24.2", "-23.9", "-23.9", "-23.9", "-23.7009048457524", "-24.0058067973601",  "-24.6214005339012", "-23.9156056521964", "-24.0763056482644",  "-23.3870299175515", "-23.5929466049739", "-21.72", "-22.29666667",  "-22.29", "-22.34", "-22.14", "-22.20333333", "-22.43", "-22.58333333",  "-22.68", "-23.02333333", "-22.85333333", "-23.10666667", "-22.31666667",  "-23.28333333", "-22.88666667", "-22.74333333", "-22.67", "-22.63666667",  "-22.69333333", "-19.3", "-19.4", "-19.7", "-19.5", "-20", "-19.8",  "-19.8", "-19", "-20.4", "-20.3", "-20", "-19.8", "-19.9", "-19.9",  "-19.4", "-19.7", "-19.8", "-20.9", "-20", "-19.4", "-19.5",  "-19.6", "-19.4", "-19.6", "-19.4", "-19"), d15N = c(12.61, 12.47,  12.7, 12.27, 12.19, 12.66, 12.54, 13.09, 12.57, 12.92, 13.29,  14.11, 14.64, 14.54, 14.99, 14.35, 14.9, 14.86, 15.21, 14.89,  13.3, 13.1, 13.4, 14.1, 12.8, 13.7, 13.2, 13.4, 13.1, 12.9, 13.3,  12.9, 12.9, 13.5, 13.3, 13.6, 13.7, 12.6, 13, 12.9, 13.6, 13.5,  13.4, 12.8, 12.8, 12.5, 13, 13.1, 14.772965955515, 14.543420057106,  14.1976454133271, 15.0356464765395, 13.5680018534348, 14.9187166118854,  14.4636036321922, 12.73666667, 11.73333333, 12.45666667, 11.91,  12.52333333, 12.14, 11.89666667, 12.1, 11.63666667, 12.60333333,  12.32, 11.18333333, 11.54, 11.59333333, 11.15333333, 11.30666667,  11.215, 11.37666667, 11.07, 11.9, 11.7, 11.7, 12, 11.9, 12.7,  11.7, 11.2, 11.8, 10.9, 11.8, 11.8, 11.4, 11.2, 11.7, 12.5, 11.3,  12.9, 11.5, 11.6, 11.7, 11.7, 11.7, 11.8, 11.9, 11.7), Community = c("SoG",  "SoG", "SoG", "SoG", "SoG", "SoG", "SoG", "SoG", "SoG", "SoG",  "SoG", "CI", "CI", "CI", "CI", "CI", "CI", "CI", "CI", "CI",  "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC",  "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC",  "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC",  "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC",  "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC",  "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC",  "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC", "AntarcticC",  "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB",  "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB",  "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB",  "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB", "AntarcticB", "NorwayA",  "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA",  "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA",  "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA",  "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA", "NorwayA",  "NorwayA")), row.names = c(NA, 100L), class = "data.frame")