What is the reason for these spots and how I can get rid of them?
The "spots" are (fragments) of files that cannot be moved during normal use as they are locked by running applications or Windows.
╔════════════╦════════════════════════════════╦═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╗
║ White ║ Empty ║ There is no data in this section of the hard drive. ║
╠════════════╬════════════════════════════════╬═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╣
║ Light Blue ║ Not fragmented (Low Occupancy) ║ This section is not fragmented, and does not contain a lot of data. ║
╠════════════╬════════════════════════════════╬═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╣
║ Blue ║ Not fragmented ║ This section is not fragmented. ║
╠════════════╬════════════════════════════════╬═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╣
║ Light Red ║ Fragmented (Low Occupancy) ║ This section is fragmented, and does not contain a lot of data. Files using this section are also using other sections to store other file parts. ║
╠════════════╬════════════════════════════════╬═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╣
║ Red ║ Fragmented ║ This section is fragmented. Files using this section are also using other sections to store other file parts. ║
╠════════════╬════════════════════════════════╬═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╣
║ Gold ║ Page File ║ The page file (or swap file) is a space on the hard drive which Windows uses as an extension of its real memory (RAM). While Windows is running, you cannot defragment this section of the hard drive. ║
╠════════════╬════════════════════════════════╬═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╣
║ Purple ║ Reserved MFT Space ║ This section is reserved for the Master File Table (MFT), which is a database that stores information about every file and folder on this hard drive. The MFT is used for NTFS-formatted drives only. Defraggler can defragment the MFT as well, but it cannot move the MFT's starting position. ║
╠════════════╬════════════════════════════════╬═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╣
║ Yellow ║ Files being read ║ When Defraggler is defragging a drive, you will see sections flash yellow as it works. This indicates it is reading files from that section. ║
╠════════════╬════════════════════════════════╬═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╣
║ Green ║ Files being written ║ Similarly, when Defraggler is defragging a drive, sections will flash green as it is writing files to them. ║
╚════════════╩════════════════════════════════╩═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════╝
Source: Understanding the Drive Map in Defraggler – CCleaner Support
You can try to run the defrag at boot time:
Boot Time Defrag with Defraggler
Defraggler has a Boot-Time Defrag option which allows you to defrag
files that are normally locked by the Operating System before the
operating system is fully loaded.
To enable Boot-Time defrag:
- In Defraggler’s main menu, click Settings, and then click Boot Time Defrag.
- You can select the following run options:
- Disabled – disable this option
- Run Once – defrags files during boot time only once
- Run Every Time – defrags files during boot time every time you start your PC
When you enable this option a dialog box will be displayed to inform you that this option has been switched on and ask you whether
you would like to reboot your PC now. If you choose Yes, your PC will
be rebooted and defragged. If you choose No, your PC will be defragged
upon the next reboot.
At the moment following files are defragmented during the boot time defrag:
C:\pagefile.sys
C:\WINDOWS\system32\config\AppEvent.Evt
C:\WINDOWS\system32\config\default
C:\WINDOWS\system32\config\SAM
C:\WINDOWS\system32\config\SecEvent.Evt
C:\WINDOWS\system32\config\SECURITY
C:\WINDOWS\system32\config\software
C:\WINDOWS\system32\config\SysEvent.Evt
C:\WINDOWS\system32\config\system
Source: Boot Time Defrag with Defraggler – CCleaner Support